همه اختلافات درباره بودجه شرکت‌های دولتی در همین چند جمله خلاصه می‌شود: «بودجه شرکت‌های دولتی در لایحه بودجه سال 99 حدود 16.2 درصد رشد کرده است در حالی که آمارهای بخش خصوصی نشان می‌دهد حدود 74 درصد این شرکت‌ها زيان‌ده هستند.» اقتصاد ایران دولتی است و خدماتی که به مردم ارائه می‌کند، عمدتاً از طریق شرکت‌های دولتی انجام می‌شود. همین مسئله باعث شده تا این شرکت‌ها هرساله با توجه به افزایش تورم و هزینه‌ها، بودجه بیشتری به خود اختصاص بدهند اما مشکل از جایی شروع می‌شود که عمده آنها به دلیل ناکارآمدی، سیاست‌های تکلیفی و مشکلات مدیریتی زيان‌ده هستند. آمارهای دیوان محاسبات نشان می‌دهد قرار بود در سال 97 میزان زیان شرکت‌های دولتی به 2 هزار و 475 میلیارد تومان برسد اما این میزان در واقعیت به 45 هزار میلیارد تومان رسید که بیش از 18 برابر قرار گذاشته‌شده است. همچنین در سال 98 میزان تعیین‌شده زیان این شرکت‌ها 3 هزار و 304 میلیارد تومان بود که در واقعیت به 53 هزار و 736 میلیارد تومان رسیده است. به عبارت دیگر زیان شرکت‌های دولتی، بانک‌ها و مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت بیش از 16 برابر عددی شد که همه مسئولان رویش اتفاق نظر داشتند. رئیس دیوان محاسبات چندی پیش در مجلس شورای اسلامی گفت که این شرکت‌ها حدود 92 درصد زیان خود را از طریق برداشت از دارایی‌های جاری به دست می‌آورند. عادل آذر علت اصلی زيان‌ده بودن این شرکت‌ها را ناکارآمدی ساختاری و مدیریتی دانسته بود؛ همان دلیلی که فعالان بخش خصوصی بارها بر آنها تاکید کرده و خواستار بهبود شرایط از طریق خصوصی‌سازی واقعی شده‌اند. چندی پیش مسعود خوانساری، رئیس اتاق بازرگانی تهران که پیش‌بینی کرده است اگر لایحه بودجه 99 به مرحله اجرا برسد، بازارها به تلاطم سال 97 بازخواهند گشت، درباره بودجه شرکت‌های دولتی گفت: «بودجه سال آینده یک هزار و 988 هزار میلیارد تومان پیش‌بینی شده که از این مقدار 484 هزار میلیارد تومان بودجه عمومی دولت، و حدود 3 برابر این رقم، بودجه شرکت‌های دولتی است. بودجه شرکت‌های دولتی برای سال آینده 16 درصد رشد کرده، در حالی که تاکید مقام معظم رهبری و رئیس‌جمهور همواره بر کوچک‌شدن دولت و خروج دولت از تصدی‌گری بوده است اما متاسفانه این مسئله مهم در بودجه رعایت نشده است.» مسعود خوانساری به فروش دارایی‌های دولتی هم در بودجه اشاره کرد و گفت: «در لایحه سال آینده به اندازه 40 هزار میلیارد تومان فروش دارایی‌های دولت پیش‌بینی شده است در شرایطی که عملکرد امسال دولت تاکنون (اواخر آذرماه 98) به اندازه 3.7 هزار میلیارد تومان بوده و حالا چطور این عدد می‌خواهد یک‌باره 10 برابر سال جاری بشود جای تأمل دارد.» همچنین غلامحسین شافعی، رئیس اتاق بازرگانی ایران هم با تاکید بر اینکه 74 درصد بودجه کشور متعلق به شرکت‌های دولتی زيان‌ده است، گفته است: «بودجه کشور متعلق به شرکت‌های دولتی، بانک‌ها و مؤسسات انتفاعی بوده، در حالی که درصد بالایی از آنها سال‌هاست زیان می‌دهند. دست ما از دولت کوتاه است، امیدواریم مجلس به این پیشنهادها در خصوص بودجه توجه کند و تغییرات مثبتی در بودجه کشور به‌وجود آورد.»

بررسی‌های دیوان محاسبات و مرکز پژوهش‌های مجلس نشان می‌دهد شرکت‌های زيان‌ده هرساله رشد می‌کنند و به دلیل مشکلات ساختاری و مدیریتی براساس قانون هم پیش نمی‌روند به همین دلیل است که هر ساله درصد تحقق بودجه آنها بیش از 100 درصد است و میزان زيان‌دهی‌شان هم رشد صعودی داشته است. رئيس دیوان محاسبات گفته است: «درصد تحقق بودجه شرکت‌های دولتی در سال 90، 104 درصد، در سال 91، 124 درصد، در سال 92، 130 درصد و در سال 98، 136 درصد بوده است. به این معنا که به‌رغم وضعیت مالی، بودجه و قانون کشور، شرکت‌های دولتی مسیر خود را طی می‌کنند و در مسیر قانون عمل نمی‌کنند.» طبق قانون در سال 97 باید فقط 10 شرکت زيان‌ده وجود می‌داشت اما در واقعیت، 194 شرکت زيان‌ده بودند. همچنین در سال 98 باید 62 شرکت زيان‌ده ثبت می‌شد که بر اساس واقعیت 197 شرکت زيان‌ده شده‌اند. دیوان محاسبات پیش‌بینی کرده که در سال 99 که تعداد شرکت‌های زيان‌ده 104 مورد تعیین شده، واقعیت اما به 200 مورد برسد که تقریباً دو برابر عددی است که مسئولان دولتی برآورد کرده‌اند.

یک عضو کمیسیون برنامه، بودجه و محاسبات مجلس با بیان اینکه از سال 97 بودجه شرکت‌های دولتی، بانک‌ها و مؤسسات انتفاعی وابسته به دولت در عملکرد و قانون بودجه شیب تند صعودی پیدا کرده است، گفت: «بودجه این شرکت‌ها در سال 97 حدود 839 هزار میلیارد تومان تعیین شده بود که به 1025 هزار میلیارد تومان افزایش یافت. همچنین بودجه این شرکت‌ها در سال 98 حدود 1277 هزار میلیارد تومان بود که به یک هزار و 739 هزار میلیارد تومان افزایش پیدا کرد. در حال حاضر نیز در لایحه بودجه سال 99 بودجه این شرکت‌ها یک هزار و 484 هزار میلیارد تومان پیش‌بینی شده است در حالی که در عمل حدود 2 هزار هزار میلیارد تومان می‌شود.» غلامعلی جعفرزاده ایمن‌آبادی دلایل زيان‌ده بودن این شرکت‌ها را این‌طور توضیح می‌دهد: «ناکارآمدی ساختار و سیستم مدیریتی شرکت‌ها، عرضه کالاها و خدمات تولیدی با قیمت تکلیفی، افزایش بهای تمام‌شده خدمات تولیدی به دلیل افزایش سطح عمومی قیمت‌ها، بیش‌برآوردی درآمدی شرکت‌ها به منظور سودده نشان دادن آنها و داشتن وظایف حاکمیتی و غیرتجاری برخی شرکت‌ها مانند سازمان هدفمندی یارانه‌ها و سازمان حمایت از مصرف‌کنندگان و تولیدکنندگان از جمله دلایل زیان‌ده بودن شرکت، بانک و موسسه انتفاعی وابسته به دولت است.»

طی سال‌های اخیر بر خصوصي‌سازي به عنوان یکی از اصلی‌ترین راه‌های جلوگیری از آسیب فعالیت شرکت‌های زيان‌ده دولتی تاکید فراوان شده است با این حال فرآیند خصوصی‌سازی در ایران در نهایت نه‌تنها به بهره‌وری شرکت‌ها منجر نشد بلکه فقط جابه‌جایی مدیران دولتی اتفاق افتاد که نتیجه آن ورشکستگی بخش بالایی از این شرکت‌ها بود. دولت چندی پیش اعلام کرد که قصد دارد شرکت‌های بزرگ از جمله دو غول خودروسازی ایران یعنی سایپا و ایران خودرو و همچنین هلدینگ پتروشیمی خلیج فارس را در فرآیند واگذاری قرار دهد با این حال این تصمیم‌گیری‌ها با ساختار اقتصاد دولتی ایران هماهنگی ندارد. محمدقلی یوسفی، اقتصاددان می‌گوید: «معیار موفقیت در خصوصی‌سازی فقط این نیست که شرکت‌ها به افراد مختلف واگذار شود بلکه نیازمند بسترسازی، ایجاد رقابت و برقراری نهادهای کارآمدی است که مهم‌ترین آنها تعریف درست و اجرای صحیح حقوق مالکیت است. موضوع مهمی که در ایران وجود ندارد. وجود انواع اختلالات دولتی، بی‌ثباتی در سیاست‌گذاری، تحریم‌های بین‌المللی، فقدان دورنمای روشن، عدم امکان ورود فناوری نوین، نبود سرمایه‌گذاری خارجی، عدم وجود فضای مناسب کسب و کار و مواردی از این دست، از جمله مشکلات اقتصاد ایران برای انجام خصوصی‌سازی به معنای واقعی است. در چنین شرایطی بخش خصوصی هم توان و تمایل آن‌چنانی برای سرمایه‌گذاری نخواهد داشت. حتی اگر توان خرید هم داشته باشد باز هم در شرایط بحرانی،‌ سرمایه‌اش را جایی قرار نمی‌دهد که امکان بازدهی‌اش پایین باشد.»