تغییر مدیریت راه‌آهن ملی ژاپن در مناطق هونشو و کیوشو در سال 1987 که بیش از 30 سال است خدمت می‌کند یکی از موفق‌ترین خصوصی‌سازی‌ها بوده است. نخستین راه‌آهن بین ایستگاه شیمباشی توکیو و ایستگاه قدیمی یوکوهاما در شهر یوکوهاما و در سال ۱۸۷۲ ایجاد شد. خطوط راه‌آهن بسیار بیشتری به مدت کوتاهی پس از آن راه‌اندازی شدند و مناطق تحت پوشش شبکه راه‌آهن گسترده‌تر شد. این شرکت قبل از خصوصی‌سازی سالانه بیش از یک میلیون ین ضرر و بدهی‌های زیادی داشته است. موفقیت شرکت‌های JR علاوه بر سوددهی‌های زیاد، در قطارهای تندرو «شینکانسن» بوده است.  

شرکت ملی راه‌آهن که بیش از نیمی از رفت و آمد ژاپن را در دهه 1950 تامین می‌کرده در آغاز دهه 1970 دچار ضرردهی شدیدی شد. پس از افزایش استفاده از خودرو و هواپیما، راه‌آهن مشتریان خود را از دست داد. مداخله سیاسی در مدیریت آن، در عین حال منجر به ساختن خطوط راه‌آهن نامناسب در سراسر کشور شد، و بدهی‌های بلندمدت آن به 37 هزار میلیارد ین رسید. و با وجود سوبسید فراوان دولت باز هم سالانه‏ حدود 1.7 تریلیون ین (17 میلیارد دلار) ضرر می‏داد. در آوریل 1987 این شرکت راه‌آهن سراسری به 6 خط راه‌آهن منطقه‌ای تقسیم شد. هریک از 6 شرکت مخصوصِ یک‏ منطقه ایجاد شده است که مجموعا به‏ عنوان گروه خط‌آهن ژاپن شناخته‏ می‏شوند. این امر همچنین باعث‏ دگرگونی عظیمی در شرکت‌های راه‏آهن‏ ژاپن شده است. طبق گفته خود ژاپنی‌ها قبل از خصوصی‌سازی، روحیه کارگران ضعیف شده بود و راه‏آهن‏ ملی در برابر استانداردهای بالای‏ خدمات مشتری ژاپن حالت استثنایی‏ پیدا کرده بود.

بزرگ‌ترین چالشی که شرکت‌های‏ خصوصی در سال 1987 با آن مواجه‏ شدند لزوم کاهش نیروی کار چشمگیر راه‏آهن ملی ژاپن بود. حدود 70 هزار کارگر می‏بایست از فهرست حقوق‌بگیران خارج می‏شدند. ماتسودا رئیس شرکت راه‏آهن شرق می‏گوید: «راه‏آهن این کشور خوش‌شانس بود که در آن زمان ژاپن در میانه جاده‏ شکوفایی اقتصادی قرار داشت و من‏ واقعا تردید داشتم که امروز بتوانیم‏ این مشکل را مرتفع کنیم.» راه‏آهن ژاپن در زمان‏ خصوصی‏سازی 72 هزار کارمند داشت‏ که در بخش عملیات راه‌‏آهن کار می‏کردند ولی در حال حاضر‏ 59 هزار کارگر دارد. از سوی دیگر شرکت‏ قدیمی راه‏آهن ملی ژاپن عملا تنها با شرکت‌های داخلی که روابط دیرینه‏ و پایداری با راه‏آهن داشته‏اند داد و ستد می‏کرد. اما گروه شرکت‌های‏ راه‏آهن به محض خصوصی شدن خرید تجهیزات مورد نیاز خود را از سایر کشورهای دنیا آغاز کرده است. در سراسر کشور ژاپن بیش از ۲۷ هزار کیلومتر خطوط ریلی وجود دارد. شرکت جی‌آر که شامل گروهی از شرکت‌ها بوده و پس از خصوصی‌سازی به شرکت جی‌ان‌آر تبدیل شده است، بیش از ۲۰ هزار کیلومتر از این خطوط ریلی را در اختیار خود دارد. 

خصوصی‌سازی انعطاف‌پذیری بیشتری در مدیریت به وجود آورد و با افزایش سرمایه‌گذاری راه را برای تنوع کسب و کار خود فراهم کرد. سال گذشته مجمع جهانی اقتصاد در گزارشی، وضعیت زیرساخت‌های مختلف حمل و نقل را نیز در کنار وضعیت رقابت‌پذیری گردشگری مناطق مختلف جهان بررسی کرد و رتبه هر کشوری را در جهان اعلام کرد. ۱۰ کشوری که بهترین کیفیت را از نظر زیرساخت‌های ریلی داشته‌اند، به ترتیب عبارت‌اند از: ژاپن، سوئیس، هنگ‌کنگ، فرانسه، سنگاپور، فنلاند، هلند، اسپانیا، کره‌جنوبی و تایوان.

توسعه قطارهای سریع‌السیر در این کشور نیز به مقبولیت این صنعت در بین مردم منجر شده است. این قطارها نشان‌دهنده توسعه زیرساخت‌های ریلی در این کشور هستند و با پایین آوردن زمان سفر بازار نوینی در این کشور برای صنعت ریلی فراهم کرده‌اند. بسیاری از شرکت‌های ریلی در ژاپن در میان برترین شرکت‌های این کشور قرار دارند. یکی از مزایایی که ژاپن در گسترش راه‌آهن خود و خصوصی‌سازی این صنعت کسب کرده  افزایش خطوط ریلی توسط بخش خصوصی است که منجر به یکپارچه شدن جوامع مختلف ژاپن شده و همین امر سبب شده بخش‌های دیگری نظیر خرده‌فروشی املاک و برخی دیگر از صنایع در بسیاری از مناطق ژاپن سودآور شوند. در حالی که پیش از وجود چنین ارتباطی به دلیل کمبود مسیرهای ارتباطی و جاده‌ها این امر ممکن نبود. در تجربه ژاپن مشاهده شد تأسیس یک نهاد واسطه از یک سو موجب تسریع در شروع برنامه خصوصی‌سازی می‌‌شود و از سوی دیگر زمان مناسب را برای اجرای برنامه به شکل مطلوب در اختیار تصمیم‌گیران قرار می‌دهد؛ به‌ طوری که منافع موردنظر تامین و از عوارض احتمالی جلوگیری می‌شود. عرضه سهام در موقعیت زمانی مناسب و با ارزش واقعی یکی از نتایج چنین اقدامی بوده است.

در طرح معیارهای رقابتی که در بین راه‌آهن‌های خصوصی‌شده ژاپن به اجرا درمی‌آید، ورود به حوزه بهره‌‌برداری راه‌آهن نسبت به روش برگزاری مناقصه‌های رقابتی آسان‌‌تر است، اما ادامه فعالیت مستلزم موفقیت در یک فضای رقابتی است. براساس این طرح اپراتورهای ریلی برای بهبود عملکرد با هم رقابت می‌کنند، عملکرد اپراتورها با استفاده از معیارهای معمول توسط نهاد تنظیم مقررات ارزیابی می‌شود و نتایج این ارزیابی هنگام بازبینی قیمت‌ها مورداستفاده قرار می‌گیرد. باید توجه داشت که هدف بزرگ خصوصی‌سازی ایجاد رقابت و حذف انحصار دولتی است.