استفاده از محصولات تراریخته، تبدیل به دوگانه ای از مخالف ها و موافق ها تبدیل شده است. عده ای آن را تبلیغ می کنند و راه نجات کشاورزی و افزایش تولید می دانند و در مقابل متولیان ارگانیک به شدت با آن مخالف هستند. در سطح بين‌المللي بيش از 99 درصد توليدات محصولات تراريخته به چهار محصول ذرت، سويا، كلزا و پنبه خلاصه مي‌شود كه البته پنبه خوراكي نيست اما سه محصول ديگر بيشتر براي خوراك دام توليد مي‌شود. طبق آمار سال 2016، 90 درصد توليد همين محصولات تراريخته به چهار كشور محدود مي‌شود كه عبارت‌اند از امریکا، كانادا، آرژانتين و برزيل. مخالفان معتقدند ارزان بودن قیمت محصولات تراریخته، واردکنندگان را تشویق به واردات این محصولات به کشور می کند.

به گفته آزاد عمراني، رئیس كميسيون نقد تراريخته و عضو هيئت مديره انجمن ارگانيك ايران بيش از 2 هزار سند وجود دارد‌ كه نشان مي‌دهند محصولات تراريخته مي‌توانند مشكلات زيادي به وجود بياورند، از آسيب به بافت ميكروبي خاك گرفته تا آسيب به دستگاه گوارش،‌ آسيب به گرده‌افشان‌هاي محيط‌زيست.

موسسه پژوهش هاي برنامه ريزي، اقتصاد كشاورزي و توسعه روستايي گزارشی درباره «چالش های کاربرد فناوری مبتنی بر محصولات تراریخته» منتشر کرده است. طبق این گزارش، هر فناوری در کنار مزایا و فواید خود، معایب و نگرانی هایی نیز به همراه دارد. با آنالیز سود-زیان یک فناوری و مقایسه آن با سایر فناوری های موجود و بکارگیری روش های مناسب برای به حداقل رساندن مخاطرات می توان از مزایای بی شمار فناوری های نوین بهره مند شد.

این گزارش با اشاره به اثرات سوء محصولات تراریخته می گوید گیاهان زراعی تراریخته مقاوم به علف کش و از تنوع گیاهان زراعی یکساله می کاهند. همچنین می افزاید: از اثرات نامطلوب محصولات تراریخته می توان به از بین رفتن منابع زیستی، آسیب به گونه های غیرهدف، نابود کردن خزانه ژنتیکی، کاهش تنوع زیستی و تاثیر منفی برای فرایندهای اکوسیستم اشاره کرد.

علاوه بر این، دستکاری ژنتیکی گیاهان زراعی باعث ایجاد پروتئین هایی در گیاه یا جانور جدید می شود که ممکن است برای بدن انسان به عنوان عامل بیگانه شناسایی شده و منجر به ایجاد واکنش آرژیک شود.

این در حالی است که سطح زیر کشت محصولات تراریخته طی 20 سال گذشته صدبرابر شد و از 1.7 میلیون هکتار در سال 1996 به 179.7 میلیون هکتار در انتهای سال 2015 رسیده است.

اما از طرف دیگر این گزارش می نویسد: فناوری گیاهان تراریخته به طورمتوسط توانسته مصرف آفت کش های شیمیایی را تا 37 درصد کاهش دهد و باعث افزایش عملکرد زراعی تا 22 درصد و افزایش سود کشاورز تا 68 درصد شود.

اما باید توجه که شرکت های خصوصی سهم عمده ای در تحقیقات بیوتکنولوژی دارند گفته می شود که 90 درصد تولید محصولات تراریخته در دست شرکت های خصوصی است.

این گزارش همچنین اشاره می کند: فقدان مقررات نظارتی ایمنی زیستی مناسب، دانش بنیان، قابل پیاده کردن و ارزان قیمت در مورد محصولات تراریخته همچنان به عنوان محدودیت اصلی توسعه محصولات تراریخته در بسیاری از کشورهای دنیا محسوب می شود.

از طرف دیگر، گفته می شود که محصولات تراریخته فواید بی شماری را برای کشاورزی، سلامت انسان، غذا و تغذیه به همراه دارد اما در صورتیکه به درستی نظارت و مدیریت کشت آنها صورت نگیرد ممکن است نگرانی هایی را برای محیط زیست به دنبال داشته باشد.

به این شکل که یکی از راه های کاهش گازهای گلخانه ای، استفاده از مهندسی ژنتیک است. مهندسی ژنتیک با تولید محصولات تراریخته به کاهش تغییرات آب و هوایی از طریق کاهش گازهای گلخانه ای و کاهش مصرف سموم شیمیایی و آفت کش ها همچنین جلوگیری از قطع درختان جنگلی برای گسترش مزارع کشاورزی کمک می کند.